FETÖ ve PKK adına suç işlemekten operasyon başlatılan Cumhuriyet gazetesi, hem PKK'nın saldırılarını artırdığı dönemde hem de 15 Temmuz darbe sürecinde yaptığı yayınlarla iki örgütün de sözcüsü haline gelmişti. Gazetenin yayın tarihi çirkin karalama kampanyaları ve yapmaya çalıştığı algı operasyonlarıyla dolu.
Cumhuriyet gazetesine düzenlenen FETÖ-PKK operasyonunun ardından gazetenin genel yayın yönetmeni Murat Sabuncu gözaltına alındı. 13 yönetici hakkında gözaltı kararı bulunurken, yakalama kararı çıkarılanlar arasında eski genel yayın yönetmeni Can Dündar da var.
İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı soruşturmaya ilişkin açıklama yaptı. Başsavcılığın açıklamasında, "Cumhuriyet gazetesinin ve gazetenin imtiyaz sahibi konumundaki vakıf yöneticileri hattında PKK/KCK ve FETÖ/PDY terör örgütlerine müzahir olduklarına, 2 Nisan 2013 tarihli yönetim kurulu toplantısında alınan vakıf üyeliğine seçim kararının usulsüz olduğuna, 15 Temmuz darbe girişiminden kısa bir süre önce darbe meşrulaştırıcı yayınlar yapıldığına dair iddia ve tespitler üzerine, "FETÖ ve PKK terör örgütlerine üye olmamakla birlikte örgüt adına suç işlemek" suçlarından bir kısım şüpheliler hakkında 18 Ağustos'ta soruşturma başlatıldığı belirtildi" denildi.
FETÖ'nün darbe girişiminin ardından da pek çok kez örgüte kol kanat geren gazete, "Darbecilerin yapmadığını AKP hükümeti yapıyor" şeklinde çirkin karalama kampanyaları başlatarak, darbecilerin hakkını savundu.
OHAL'e tepki gösteren gazetede, yayınlanan KHK'lar için "Demokrasi boğuluyor" başlığı atıldı. Darbeye kalkışan FETÖ'cüleri savunan gazete, "İki yeni Kanun Hükmünde Kararname yayımladı. Kararnameye göre, 15 medya kuruluşu kapatıldı, 11 bin kişi ihraç edildi, rektör seçimleri kaldırıldı, savunma kısıtlandı" ifadelerine yer vererek, FETÖ'ye yönelik bakış açısını bir kez daha gözler önüne serdi.